出世犹垂忧国泪，居山恒作感时诗！ 九 一八事变后，圆瑛大师有感于山河沦丧，流泪写下了这样的爱国诗句。日本发动全面侵华战争后，为了号召全国佛教徒参加全民抗日，圆瑛大师花费了极大的精力而四处奔走。组建中国佛教会灾区救护团、开辟佛寺为难民收容所、成立僧人战场救护队。僧侣救护队在淞沪战争中共救出伤兵和难民8千多人，被上海报纸誉为 英勇僧侣 ，外国报纸称他们为 战神之敌 。在完成了一系列爱国义举后，圆瑛大师又出国募捐抗日资金，号召华侨进行 一元钱救国运动 。

1939年10月，圆瑛大师和徒弟筹集了大量资金，从南洋返回上海。圆瑛大师回国后，日本人者劝他出任所谓的中日佛教会会长，圆瑛严词拒绝了。日本人恼羞成怒，1939年农历九月初一，大批宪兵包围了圆瑛大师所在的寺院，以抗日的 罪名 将圆瑛和他的弟子明旸逮捕。

圆瑛师徒二人被押到位于上海北四川路的日本宪兵队司令部，马上遭到了严刑拷问。明旸法师回忆道： 宪兵们面目狰狞，虎视眈眈 夜阑人静，万籁俱寂时刻，日本宪兵就对先师进行严刑审讯，态度野蛮，几濒于危。师以从容陈辩，理直气壮，义正词严，坚持了中国人民大无畏的民族气节。

随后，圆瑛大师二人又被押解往南京的日本宪兵总司令部，追查二人在南洋募集抗日捐款的事情。圆瑛大师威武不屈，在严刑审讯面前，仍做道场，连打三个 净七 ，并以绝食与日寇作斗争。

圆瑛大师被捕的消息引起了民众的公愤。迫于舆论压力，1939年11月，日寇释放了圆瑛师徒二人。圆瑛大师出狱后，致函福州鼓山涌泉寺辞去方丈之职，走上了更为坚毅的抗日之路。