焚香祈祷或者祭祀祖先乃吸取佛教习俗不断演化而来。在宗族祭祀中有焚艾的观念，“古以萧艾达神明而不焚香”，但逐步融合佛教形成焚香习俗。此习俗在宋代也经历了系列讨论。第一，焚香确实是佛教的习俗。第二，宋代儒者经过考证否认焚香，认为这没有经典依据。第三，焚香在习俗中已经得到广泛认可，形成了尊经与顺俗的矛盾。而宋儒都以儒家经典为根据，批判这一民间习俗，但结合现实，并参考儒家义理，又接纳焚香。至于祭祀焚纸是民间自发的习俗，宋儒的态度是以反对为主。但是在现实中社会对焚香与焚纸都进行了接纳，这客观说明宋代儒学重建需要结合现实生活，调和尊崇经典与顺应时俗的矛盾。

烧香拜佛成为今天的口头习语，这间接说明了焚香习俗的来源问题，也就是说焚香最初是佛教所用。对此，宋代之前已有人对焚香进行考证，“李相之《贤己集》谓焚香之始云：‘本《佛图澄传》。襄国城堑，水源暴竭，石勒问澄，澄曰：“今当勅龙取水。”乃至故泉源上，坐绳牀，烧安息香，咒数百言，水大至。’予按：《江表传》：‘有道士于吉来吴会，立精舍，烧香，读道书，制作符水以疗病。’又按：《汉武帝故事》亦云：‘昆邪王杀休屠王，以其众来降，得其金人之神，置之甘泉宫。金人者，皆长丈余，祭不用牛羊，唯烧香礼拜。’然则焚香自汉已然矣。”

这段文字至少提供了三个方面的信息，第一，焚香是佛教念经之时所用；第二，道教也吸取了这一习俗，焚香读经；第三，烧香拜佛在汉代就已经出现。这则考证没有提及焚香是否出现在儒家祭祀之中，或者民间习俗之中。可见焚香最初就是佛教所用。而这一习俗显然是不断延续，甚至于宋代以政府的行为进行焚香礼拜，比如：“乾德五年正月十六日诏，以朝廷无事，年谷屡丰，上元观灯可更增十七、十八日两夜。……其后每灯夕，皆命中书、枢密分往大寺焚香，就赐御筵，遂为故事，自此始也。”也就是说儒家政权将社会安定五谷丰登归结为佛祖之保佑，特令政府大员前往焚香拜佛，而且成为节日程序，也就是说一种惯例习俗。

道教也吸取焚香的习俗，比如：“陈季若言：平生多梦怖，不能独寝。每寝熟，必惊魇，甚患之。梦有教者曰：‘但持元始天尊灵宝护命天尊号，每日晨兴，焚香诵二号备三十过，久当有益。’如其言；不一岁，怖心不萌。或夜独卧古驿中，亦无苦，至今不少懈。”元始天尊等是道教的神仙，陈某因为恐惧而梦魇，听从了道士的方法，每日念及元始天尊，并焚香祷告，久而久之则痛苦消解。正是对神明的信仰，民间但凡遇到大事都有焚香祷告神明的习俗，比如：“欲唤上容之、咏之，当厅以慧、寄二名焚香拈阄，断之以天，以一人为瑞之嗣，以一人为秀发嗣，庶几人谋自息，天理自明，存亡继绝，安老怀少，生死皆可无憾。”

在选择后嗣的时候就采用了抓阄听从天意安排的方式决定，焚香祷告，祈求神明作证，保证程序的公正合理。一些士大夫也信奉神明，焚香祷告，比如：“清献公每夜常烧天香，必擎炉默告，若有所袐祝者然。”可见焚香本身就是对佛老等神明的信仰。但是焚香什么时候成为了儒家祭祀中的一部分呢？对此古人也有考证，认为在祭祀君主的时候焚香是起源于唐代，“忌日行香始于唐贞元五年八月，敕天下诸州：并宜国忌日，准式行香。……今世国忌日尚行此意。致人君诞节，遂以拈香为别矣。”这表明虽然焚香很早就已经出现，但是主要是佛道宗教的习俗。而真正被政府认可，用于祭祀祖先的则是在唐代开始。

当然从这案例中可以往前推导，焚香祭祀祖先应该在此之前就出现了，因为政府对某种习俗的认可，往往是以这种习俗获得广泛的民间认可为基础。民间吸取佛老宗教的习俗转变为祭祀祖先的习俗之后，官方才会正式采纳。宋政府也正式接纳这一习俗，“国忌行香，本非旧制，真宗皇帝大中祥符二年九月丁亥，诏曰：‘宣祖昭武皇帝、昭宪皇后，自今忌前一日不坐，群臣进名奉慰，寺观行香。’”“帝后大忌，则宰相率百官行香，后妃继之。……钦先孝思殿亦神御，上每日焚香。”而宋代民间已经广泛的采纳了焚香祭祀祖先的习俗，比如：“赣州光孝首坐僧普瑞说：尝附江州通判船遏池州。泊村岸，闻岸上人相呼参祖烧香者。”也就是说焚香显然成为了祭祀的一项重要的必不可少的内容。

不仅是祭祀祖先，在祭祀神灵或者驱赶鬼怪等时，也采用焚香的办法。比如：“钱令望大夫之妻陈氏。天性残忍，婢妾虽微过。必箠之，数有死于杖下者。其后卧疾，有发语于冥暗中。自言为亡妾某人，具道欲杀陈之意。钱君具衣冠，焚香拜之，且许诵佛饭僧，助其超生。”因为焚香是佛老宗教的重要内容，通过焚香达到祈祷佛老神仙保佑自身的目的。该案例就是冤死之人化为厉鬼报仇，而事主通过诵经礼佛和焚香祷告来化解冤仇，帮助死者超脱。这既有祭祀死者之内涵，也是佛教习俗，具有双重色彩。

宋代儒者多认同焚香祭祖。比如二程说：“凡祭，洒扫厅事，……焚香请曰：孝孙某，今以仲春之祭，共请太祖某官、高祖某官、曾祖某官、祖某官、考某官，降赴神位。奠酒焚香，……事毕，焚香曰：祭祀已毕。”在其编写的祭祀仪式中就反复强调在祭祀祖先中焚香祈祷。其实在宋代诸多的儒家仪式中都用到了焚香。比如朱熹论述的祭祀仪式中也采纳焚香，“昔侍先生见早晨入影堂焚香展拜，而昏暮无复再入，未知尊意如何。”也就是进入影堂祭祀先祖的时候是要焚香的。再如：“南北向赞引献官诣，盥洗之南北向立，盥手帨手升，焚香再拜。”