药师咒来自《药师琉璃光如来本愿功德经》。药师琉璃光如来，是东方净土净琉璃世界的教主。药师法注重利益现实人间，故特别契合当今时代的众生。持药师咒是易行的药师法门，若能至心修持，不仅有消灾（免除疾病、横逆、贫困等之苦）延寿满愿的利益，还有促使众生早成佛道的功德。

　　此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。 “药师灌顶真言”治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。 由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：“予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎？” 又说：“若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎？则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之！人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。”

　　念药师咒，功用很多，但一般都是用来治病用的，尤其是对着水、汤、饭食，恭诵108遍，再食用，对于疾病治愈有大功效。